La présence humaine sur le territoire de Moëlan remonte au néolithique et à l’âge de fer. A l’époque gallo-romaine, des points stratégiques sont occupés et le réseau routier créé par les celtes six cents ans plus tôt amélioré.
A partir du Vème siècle, les Bretons venus d’Outre-Manche s’implantent à leur tour. Dès le XIème siècle, Moëlan est une paroisse. De nombreuses terres sont sous la juridiction des ducs de Bretagne, de la baronnie de Quimerc’h et des abbayes de Landévennec, de Saint-Maurice et de Sainte-Croix. Entre le IXème et le XIVème siècle, Moëlan subit le pillage des Normands et les troubles des guerres de Succession de Bretagne.
De cette période confuse, l’histoire retient le nom des frères Bernard et Thierry de Moëlan, deux théologiens enseignant à l’université de Paris et dont la renommée est comparable à celle d’Abélard.
Au XIIème siècle, les templiers installent une aumônerie à Brigneau et une maladrerie à Kerglien.
Quelques siècles plus tard, les guerres de la Ligue interrompent une période de prospérité, provoquant pillages et massacres, auxquels s’ajoute l’apparition de la peste en 1598, lors du siège de Quimperlé. Toutefois, à la veille de la Révolution, la paroisse est l'une des plus riches de Cornouaille. Elle devient commune en 1792 et les villages de Lothéa et de Baye lui sont rattachés.
Vers 1850, les premières conserveries de sardines se créent. Plus de la moitié de la population vit alors des activités maritimes. L’ostréiculture prend son essor après 1870.
Le tourisme balnéaire se développe au début du XXème siècle grâce aux nouveaux moyens de transport. Un décret de 1929 modifie par ailleurs le nom de la commune en Moëlan-sur-Mer, afin d’éviter la confusion avec Meslan.
Le Patrimoine des communes du Finistère,
Editions Flohic, 1998